Die Idee ein Ensemble für Alte Musik zu gründen entstand in der Silvesternacht 1985, zwei Jahre darauf setzten einige Studenten der Freiburger Musikhochschule ihre Idee in die Tat um und traten zum ersten Mal unter dem Namen Freiburger Barockorchester gemeinsam auf. Seither erweitern sie sukzessive ihr Repertoire von zunächst nur barocken Werken bis hin zum klassisch-romantischen Kanon und zeitgenössischen Werken. Die künstlerische Leitung ist seit dem Gründungsjahr geteilt, liegt einerseits bei dem Violinisten Gottfried von der Goltz, andererseits bei dem Pianisten Kristian Bezuidenhout, der kurz vor dem dreißigjährigen Bestehen des Ensembles in der Spielzeit 2017/2018 den Posten von Petra Müllejans übernahm.
Das Freiburger Barockorchester tritt, wie es im 18. Jahrhundert üblich war, ohne festen Dirigenten auf – geleitet wird das Ensemble vom Pult des Konzertmeisters aus. Der hohe Anspruch und das virtuose Zusammenspiel der Musiker macht das Freiburger Barockorchester bei Solisten zum begehrten Partner für CD-Aufnahmen, unter anderem veröffentlichten Christian Gerhaher, Isabelle Faust und Philippe Jaroussky gemeinsame Einspielungen mit dem Ensemble. Für ihre Leistungen wurden sie 2009 mit dem Preis der Deutschen Schallplattenkritik ausgezeichnet, 2017 erhielten sie den ECHO Klassik.